Die SYGNIS Pharma AG entstand 2006 aus der Übernahme des operativen Geschäftsbetriebs der BASF-Tochtergesellschaft Axaron Bioscience AG durch die börsengelistete LION bioscience AG. Axaron entwickelte seit vielen Jahren ZNS-Wirkstoffe und verfügte über eine viel versprechende Pipeline von entsprechenden Produktkandidaten. LION AG ihrerseits hat im März 2006 ihr operatives Geschäft der Bioinformatik verkauft und verfügte neben der Börsennotierung und finanzieller Ressourcen über ein großes Finanzmarktwissen.
Die Transaktion erfolgte in zwei Schritten: Zunächst übertrug die Axaron ihren Geschäftsbetrieb auf die SYGNIS Bioscience GmbH & Co. KG, deren Gesellschaftsanteile nachfolgend von der Familie Hopp sowie der BASF AG als Sacheinlage in die LION AG gegen Ausgabe von insgesamt 7.807.535 neuen Stückaktien eingebracht wurden. Im Zuge der Übernahme änderte die ehemals als LION AG firmierende Gesellschaft ihren Namen in SYGNIS Pharma AG.
Der Kapitalmarktzugang sowie die vorhandenen finanziellen Mittel des Unternehmens sollen sowohl für Eigenentwicklungen als auch für Produktakquisitionen eingesetzt werden, mit denen SYGNIS in den nächsten Jahren zu einem auf ZNS-Medikamente spezialisierten, international kompetitiven Pharma-Unternehmen ausgebaut werden soll.